Ríos.-
Su principal río es el Mayo o Chinchipe nace en el nudo de Sabanilla y baja en sentido Norte a Sur, desde su nacimiento toma diferentes nombres, Valladolid, Palanda, Mayo. Tiene tres principales afluentes, recibe del lado derecho (Oeste), las aguas del río Isimanchi; el río Palanumá del lado izquierdo, (Este) el río Punchis y Sangola. En el límite con el Perú, se agregan las aguas del río Canchis, en dirección Oeste-Este, hasta la desembocadura del pequeño río San Francisco, que baja en sentido Norte-Sur. El río Palanumá sirve como límite entre los cantones Chinchipe y Palanda, baja en sentido Oeste-Este, hasta desembocar aguas abajo con el río Mayo- Chinchipe.
El río Isimanchi, atraviesa de Oeste a Este por el centro del cantón, nace en las estribaciones de la Cordillera Real, Tiene gran torrente ya que desciende desde una altura de 3.780 m. hasta 997 m. aproximadamente, a lo largo de unos 55 km.
Lagunas.-
Lagunas de Jimbura.- Existe una variedad de lagunas, en la cordillera que sirve de límite entre los cantones Chinchipe y Espíndola. Entre las lagunas tenemos: Las lagunas del Pato, Patillas, Negra, Prieta, Cox, Desaguadero, La Colorada, Salada y Natosa.
SISTEMA MONTAÑOSO
El cantón Chinchipe cuenta con dos sistemas montañosos, primero el de la Cordillera Real, que sirve como límite entre las provincias de Loja y Zamora y la Cordillera- Nudo de Sabanilla, que da origen a la cuenca alta del río Mayo-Chinchipe.
Las principales elevaciones montañosas se ubican en las parroquias San Andrés, Chito y Zumba.
En la parroquia San Andrés tenemos los cerros: Ladrillo 3780 msnm, Altar con 3510 msnm, Tres Picos 3000 msnm, y Centinela con 3239 msnm.
En la parroquia Zumba se ubican la Loma del Tigre 1560 msnm, Loma del Negro Muerto con 1649 msnm, Loma Alta del Río Blanco a 2945 msnm, Loma de Guaranguillo 1000 msnm.
En Chito tenemos Las Habas 2906 msnm, Cerro Sangolachi 2000 msnm, Cerro Peña Blanca con 1950 msnm, Cerro Los Guayusos con 2145 msnm, y el Cerro Urano con 1895 msnm. Además tenemos el cotrafuerte de Cerro Negro.